自动化专业于1985年从电机系独立出来，秉承“理论研究-产教融合-应用推广”产学研用理念，坚持理论与应用相辅相成的学科发展模式。本学科一方面结合海西区域发展战略需求，着力发展基础理论研究；另一方面立足区域产业技术需求，持续强化新技术开发。在工业集成设计平台与伺服系统、人工智能与物联网技术、电力电子控制系统研制与成果转化、新型医疗康复器械研发与服务等领域，积累了丰富的研究成果与技术储备，培养了一大批优秀人才，逐步形成了涵盖应用理论、技术方法、平台装备等多层次的学科发展体系。经过40余年的发展，本学科现拥有控制科学与工程一级学科硕士点，涵盖控制理论与控制工程、检测技术与装置、模式识别与人工智能、系统工程等二级学科，和8个省校级科研平台，是福建省特色重点学科，并已列入福建省一流学科建设目录。本学科现有专任教师30余人。